Le lac Malawi est peuplé de mpasa (truite lacustre, ou lake salmon), de ncheni (sorte de poisson-tigre lacustre), de sungwa (un type de perche), de kampango et de vundu (tous deux des poissons-chats). On trouve des truites dans les ruisseaux des plateaux de Nyika, Zomba et Mulanje, et des poissons-tigres dans le cours inférieur de la Shire. De beaux saumons peuplent également les eaux de la rivière Bua au niveau du Tongole Wilderness Lodge, dans la réserve naturelle de Nkhotakota.